在股指期货套利交易中，期现套利由于风险较小而倍受投资者青睐，但我们仍有必要对期现套利策略的主要风险做一个识别。
首先是资金(现金流)风险。股指期货采用逐日盯市的制度，因此期货端的资金控管尤为重要，特别是当股指和股指期货同时上扬时，期现套利将会面临由于股指期货上扬而带来的资金压力。因此，投资者必须预留充足的储备资金以防止由于期货端可用资金不足而被强制平仓的风险。在开仓前，需要合理地评估需要预留的可用资金数目，这里采用VaR方法：
VaR(value at risk)，即风险价值，是指在市场正常波动和一定的概率水平下，某一个金融资产或证券组合在未来特定一段时间内的最大可能损失。
VaR计算预留资金示例：
2010年10月份曾出现股指期现价差大幅拉升的极端情况，最高超过120点，出现了很大的套利空间。但是有很多投资者由于没有预留足够的资金，在开仓后股指大幅拉升的情况下，期货空单出现大幅亏损而被迫平仓离场，造成了不必要的损失。
2010年10月15日，当股指期货主力合约价格3380点时，基差为50点，假设投资者此时开仓，距离到期时间还有25个交易日。
按照方差分析方法，这里的市场因子为沪深300现指价格，该指数历史上的波动率为1.84%，25天的波动率为1.84%×sqrt(25)=9.2%，如果设定的置信度为95%，则我们认为在95%的情况下，25天内沪深300现指不会上涨超过VaR=1.65×9.2%=15.18%，转换成指数点为513点。因而每手股指期货持仓需要预留的资金为513×300=153900元。
按照历史模拟方法，将市场因子300现指价格收益率排序，选择数据长度为之前的25×50个交易日，选择95%的置信度，分位数选择后，25天的最高5%的分位数为18.6%，即按照历史模拟法得出VaR=18.6%，转换成指数点为628.6点，因而每手股指期货持仓需要预留资金188580元。
按照以上两种方法得出的结果之所以略有不同，是因为假设条件有所不同。在后来的行情中，股指期货主力合约10月27日攀高到3606.2点，较开仓价格3380点上涨226.2点，期货上的浮亏为67860元，预留的资金不管用哪个方法计算都足以满足需求。虽然我们不知道开仓后价差会怎么走，但我们知道期现价差最终肯定会收敛。
其次是现货股票追踪风险。在期现套利交易中，由于我们是通过买入沪深300成分股票或者买入ETF或ETF组合来拟合沪深300现货指数的走势，因此现货部位的收益率和300现指的收益率之间就存在着差异。这个差异会导致套利的总体收益较预期收益更大或更小，这种不确定性就构成了风险，但一般而言如果选用ETF组合，风险会相对较小。
将日追踪偏差(TD)的标准差定义为追踪误差。追踪偏差的定义为：
追踪偏差的定义
从去年的数据来看，构建ETF组合后，其追踪误差为0.23%。照此计算，在极端情况下，套利持有期为15个交易日，假定追踪偏差TD呈现正态分布，则95%置信度下，最大出现的不利追踪偏差为1.47%。也就是说，本次收益率可能还要扣除由追踪误差带来的最大不利偏差1.47%。在计算套利空间时，最好综合评估一下可能带来的追踪误差影响。
此外，股指期现套利交易还面临强制减仓、股票T+1交易规定等交易制度上的风险，由于交易员下错单和IT交易系统可能出现问题带来的操作风险，以及期现货市场的流动性风险和冲击成本等，进行期现套利交易的过程中也需要重点关注。
